Il Gravesend & Northfleet Football Club fu fondato sopo la Seconda Guerra Mondiale dall’unione del Gravesend United e del Northfleet United. Entrambe le società avevano una squadra di calcio fin dai primi anni ‘90 del 1800, con il Northfleet attivo anche come vivaio per i giovani talenti del Tottenham intorno al 1930. La fusione fu ufficializzata nell’aprile del 1946. Il nuovo club mantenne i colori sociali bianco e rosso e lo stadio Stonebridge Road del Northfleet, ma la maggior parte dei dirigenti arrivava dal Gravesend. La Fleet giocò la sua prima partita il 31 agosto 1946 contro l’Hereford United, vincendo 3-0 davanti a 5.000 spettattori.

Nonostante le ambizioni alte e i molti investimenti, nel corso degli anni ‘40 e nei primi anni ‘50 la Fleet vinse solamente due Kent Senior Cup, e fu solamente nella stagione 1957-58 che il club raggiunse il successo anche in campionato, con la forte squadra del manager Lionel Smith che giocando un football offensivo vinse la Southern League segnando 135 gol tra camionato e coppa.
Ma il successo non durò e i problemi economici fecero degli anni ‘60 un periodo torrido per i tifosi della Fleet. Nonostante questo, però, fu proprio in quegli anni che la squadra realizzò i loro migliori risultati in FA Cup, guadagnando un replay nel quarto turno contro il Sunderland.

Retrocessioni e promozioni si susseguirono, e nel 1967 l’intero consiglio di amministrazione si dimise in massa, lasciando la società con nulla se non un campo da calcio e un sacco di debiti. Le cose si rimisero in moto quando Tony Sitford fu nominato manager nel 1974 e la Fleet vinse la Southern Division del 1974/75, ma nonostante la società mirasse a vincere la Premier Division quelli che seguirono furono stagioni di consolidamento, portando comunque a casa la Southern League Cup nel 1976/77 battendo il Weymouth in finale.

Nella stagione 1979/80 la Fleet fu tra i membri fondatori della Alliance Premier League (che in seguito divenne la Conference), finendo la stagione inaugurale con un eccellente quinto posto. Ma gli anni ‘80 furono dei tempi duri per il club, che retrocesse nel 1981 e poi ancora alla fine della stagione 1985/86, tornando così a giocare nel calderone del calcio semiprofessionistico.
Quando la società rischiava seriamente la bancarotta, un gruppo di nuovi dirigenti con a capo Lionell Ball salvò la squadra e fu ricompensato con la promozione alla Premier Division nel 1988/89 e una bella corsa nell’FA Trophy.

Dopo una nuova retrocessione nei primi anni ‘90, la Fleet vinse nuovamente la Southern Division nel 1993/94 con un vantaggio imbarazzante sulle inseguitrici e con il bomber Steve Portway che segnava gol come fossero noccioline.
Un’altra bella corsa in FA Cup segnò la stagione 1995/96, con 10 partite giocate per raggiungere il terzo turno e visitare il Villa Park di Birmingham perdendo 3-0 contro l’Aston Villa.

Nel maggio 1997 il club si spostò nella Ryman Premier Division, nel tentativo di limitare le spese per le trasferte, e dopo alcune stagioni a metà classifica la squadra del manager Andy Ford vinse il campionato nel 2001/02 dopo una lunga e tesa sfida con il Canvey Island che vide 4.068 spettatori assistere allo Stonebridge Road all’incontro tra le due compagini.

La Fleet si è ormai trasformata in un club totalmente professionistico, e dopo una retrocessione evitata per un pelo il manager Liam Daish è riuscito a portare la squadra al settimo posto al termine della stagione 2006/07, il quarto campionato di Conference consecutivo. Nel maggio 2007, 61 anni dopo la formazione del Gravesend & Northfleet, la dirigenza annunciò il cambio di nome in Ebbsfleet United per provare a trarre vantaggio del recente sviluppo dell’area.

Il 13 Novembre 2007 fu annunciato che il sito MyFootballClub aveva raggiunto un accordo per l’acquisto della squadra. Circa 27.000 membri di MyFootballClub avevano pagato una quota di 35 Sterline (circa 50 euro) a testa, raccogliendo così all’incirca 950.000 Sterline per diventare comproprietari del club senza ricevere dividendi o alcun profitto. I membri posso votare i trasferimenti, la squadra da schierare e le maggiori decisioni inerenti la squadra. Il 23 Gennaio 2008 i membri di MyFootballClub hanno approvato l’acquisizione del 75% dell’Ebbsfleet United. L’accordo è stato ratificato dall’assemblea generale degli azionisti martedì 19 febbraio 2008, rendendo così i soci di MyFC proprietari ufficiali della Fleet.